Die Schulleitung der BeekeSchule Scheeßel setzt sich aus einem Schulleitungsteam zusammen. Die Schule wird vom Schulleiter Sven Borstelmann geleitet. Ihm zur Seite steht der Konrektor Cornelius Cordes sowie ein Team an Unter- und Oberstufenkoordinatorinnen und Koordinatoren mit besonderen schulfachlichen Aufgabenbereichen.